San Javier es el portal de entrada a una de las mayores maravillas del ecoturismo en el país: el Parque Nacional Esteros de Farrapos y las Islas sobre el Río Uruguay. Esta Área Protegida es reconocida internacionalmente como una de las más importantes zonas de humedales en todo el planeta, con una diversidad biológica asombrosa. Se ubica al oeste de Río Negro, al sur de San Javier y al norte de Nuevo Berlín.
Casi 17.500 hectáreas de parque y 24 islas componen el circuito de Esteros de Farrapos, que se extiende 27 kilómetros a lo largo del Río Uruguay. Aquí coexisten distintos ecosistemas que se han mantenido casi intactos desde sus orígenes. Los esteros (pantanos en tierras bajas, característicos de la zona), bañados, montes nativos y pajonales componen el cautivante paisaje de la zona. También hay varios arroyos desembocando en el Río Uruguay, entre ellos el Farrapos, que da nombre al parque.
La observación de fauna regional es uno de los grandes atractivos del parque. Se trata de la única zona en Uruguay donde habitan el puma y el aguará-guazú, un zorro de gran tamaño, del que quedan muy pocos ejemplares en el país. Otras 30 especies de mamíferos, casi una decena de anfibios y 200 especies de aves habitan en la zona, regalando un verdadero espectáculo natural a los visitantes. Muchos tipos de mariposas suelen acompañar los paseos, ya sea caminando, a caballo o en bote. El birdwatching, la pesca y el trekking son algunas actividades preferidas para disfrutar en el parque.
En el centro de visitantes (instalado en un antiguo galpón levantado por los colonos rusos de San Javier) es posible conocer más sobre la geografía y riqueza biológica de Esteros de Farrapos. En la zona de Puerto Viejo, a cinco kilómetros de San Javier, hay un camping enmarcado por los montes nativos del parque.
Como toda área protegida, hay que tener sumo cuidado al visitar los Esteros de Farrapos. La educación medioambiental es una de las consignas del Sistema Nacional de Áreas Protegidas, en pos de un turismo en equilibrio con la naturaleza. Por informes, llamar al teléfono 4569 2652.